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Más de una
década pasaría antes de que se pudieran continuar los
experimentos agrícolas y "la cosecha de almas" del
padre Kino en tierras californianas. A pesar de sus arduos esfuerzos
por promover la continuación de la empresa que había iniciado,
la Corona tenía otros intereses y otras posesiones que fortalecer,
antes que invertir en una azarosa colonización que no redituaba
en nada y en cambio comprometía el real erario. No será
sino hasta 1696 cuando el jesuita Juan Ma. Salvatierra reciba autorización
del provincial de la orden, para establecer misiones en la California,
con la condición de que los gastos no corrieran por parte de
la Compañía de Jesús ni del virrey. A partir de
ese momento, él y el Padre Juan de Ugarte se dedicaron a solicitar
la ayuda económica de algunos bienhechores y simpatizantes de
la Compañía que se interesaban en el proyecto californiano.
De esta manera comenzaron a consolidar lo que sería el Fondo
Piadoso de las misiones de Californias, que les permitiría realizar
sus anhelos evangelizadores con dinero producido en la Nueva España
y no en las mismas misiones. El 6 de febrero de 1697, el virrey don
José Sarmiento y Valladares, Conde de Moctezuma, dio la licencia
a los jesuitas Kino y Salvatierra para entrar a la provincia de Californias,
"y que puedan reducir a los gentiles de ellas". A su vez les
permitió seleccionar "la gente de armas y soldados que pudieran
municionar a su costa." Una vez provisto
de todo lo necesario y tras varios meses de preparación, Salvatierra
salió del puerto del Yaqui hacia la California, el 10 de octubre
de 1697, acompañado de nueve hombres entre los cuales no pudo
contarse Eusebio Kino, quien tuvo que quedarse por la crítica
situación de las misiones de la Pimería. Después
de llegar al puerto de la Concepción y al que fuera el Real de
San Bruno y no encontrar condiciones para establecerse, se dirigieron
al puerto de San Dionisio, en el cual desembarcaron el 19 de octubre
hallando una fuente de agua potable que les permitió establecer
un campamento que se convertiría en la primer misión y
puesto colonial perdurable en la peninsula de California, al que dieron
el nombre de Nuestra Señora de Loreto que conserva hasta hoy.
Desde el inicio
de la operación misional en la California, se buscó cambiar
la forma de vida de los nativos mediante la reducción, que buscaba
evitar la dispersión de los aborígenes y congregarlos
en la misión, tal como se había logrado exitosamente desde
que los jesuitas establecieron la primer misión chichimeca en
San Luis de La Paz en 1589. Para lograr este
propósito era necesaria la introducción de la actividad
agrícola, el pastoreo, la importación de productos desde
la Nueva España y el cambio forzoso hacia la cultura material
europea. Durante los años siguientes aumentarían las exploraciones
siempre en busca de sitios adecuados para establecer nuevas misiones,
siendo requisito esencial el que hubiera una fuente de agua confiable.
En esa primera década del siglo XVIII se fundaron las misiones
de Santa Rosalía Mulegé, San Juan Malibát y San
José de Comondú. En 1720 se establece la misión
de La Purísima Concepción Cadegomó, después
de un retraso en su establecimiento debido a una temporada de desastrosos
huracanes. En la parte sur, el padre Salvatierra había intentado
acercamientos con guaycuras y pericúes, los cuales habían
resultado álgidos, no sería sino hasta después
de la muerte de dicho jesuita que se fundaría la misión
de la Paz. Dicha fundación se llevaría a cabo en 1720. En los años
subsecuentes, se vio la necesidad de nuevas fundaciones en la zona sur,
así se estableció la misión de Dolores en 1721,
a la cual se sumaron los indios pertenecientes a la de San Juan Malibat
o Liguig, reducidos a un pequeño número por las enfermedades
que azotaron la región desde el año siguiente a la primera
fundación.Ese mismo año se fundó más al
sur la misión de Santiago, en la región habitada por los
pericúes, pero tuvo que ser trasladada en 1723 a otro paraje
más distante de la costa. La siguiente misión en establecerse
en dicha región fue la de San José del Cabo en 1730. Dicha
misión serviría de refresco para los navíos venidos
de Filipinas que atracaban en San Bernabé. Las exploraciones
hacia el norte del padre Píccolo, realizadas entre 1709 y 1716,
lo llevaron a localizar sitios donde después se fundarían
las misiones de Guadalupe Huasinapí (1720) y San Ignacio Kadakaaman(1728).
Estas misiones
sirvieron de base para nuevas exploraciones como las realizadas por
el padre Taraval en 1732 hacia la costa Pacífico, cuando removió
a toda la población de la Isla de Cedros para acercarlos a la
misión de San Ignacio. Este mismo religioso fundó en el
sur la misión de Santa Rosa en el pueblo de Todos Santos en el
año de 1733, muy cerca del Océano Pacífico. De esta manera,
la frontera misional fue avanzando y el contacto entre colonizadores
e indígenas, ya fuera que adoptaran voluntariamente el cristianismo,
o que se opusieran violentamente a la intromisión de los misioneros,
fue continuo; modificando la forma de vida tradicional no sólo
de las cabeceras o pueblos de visita, sino de grupos humanos distantes
del centro de contacto. Uno de los hechos
que afectó de manera importante la expansión misional
durante varios años fue la rebelión pericú que
se dio a partir de 1734. Ésta se extendió de la misión
de Santiago a las tres restantes del sur: San José del Cabo,
La Paz y Santa Rosa; y en ella murieron varios soldados, los misioneros
Carranco y Tamaral, así como algunos neófitos de la misión
de Santa Rosa. Durante dos años, el gobernador de Sinaloa, Manuel
Bernal Huidobro, apoyado por soldados y un importante grupo de guerreros
del Yaqui, se enfrentó a los pericúes hasta reprimir a
los alzados, lo que le permitió regresar a Sinaloa en junio de
1738. Posteriormente se estableció el presidio en el mismo pueblo
de San José en el Cabo de San Lucas.
En el año
de 1766, el padre Linck emprendió una expedición hacia
el norte junto con el teniente Blas Somera, recorriendo distintos parajes
entre el 20 de febrero y el 18 de abril, localizando un sitio que consideraron
apropiado para el establecimiento de una misión, el cual tenía
el nombre de Güiricatá, en el cual se fundaría la
única misión franciscana de la península varios
años después.Finalmente, se decidió establecer
una nueva misión en un paraje conocido como Caluñujuet
al pie de la sierra Yubai, visitado previamente por el padre Consag
en 1753 y por Linck en su anterior exploración, a veintidós
leguas de San Borja.
Debido al aislamiento
de las misiones californianas, el decreto de expulsión expedido
por Carlos III, no llegó en junio de 1767 como en el resto de
la Nueva España, sino hasta que el nuevo gobernador Portolá,
llegó con las noticias al puerto de San Bernabé el 30
de noviembre de ese año. Los jesuitas de las catorce misiones
activas en ese momento, se reunieron en Loreto, de donde partieron hacia
el exilio el 3 de febrero de 1768. En enero de 1768
llegaron 11 franciscanos de la provincia de Santiago de Jalisco a San
Lucas con la encomienda de reemplazar a los jesuitas. Éstos fueron
tempranamente sustituidos por otros franciscanos llegados a Loreto en
abril de 1768, bajo las órdenes del padre Serra, del prestigiado
Colegio de San Fernando. A diferencia de los jesuitas que habían
regido y mantenido el control de la península (salvo en el breve
período de 1736-1738 en que el gobernador de Sinaloa los auxilió
con la rebelión pericú) durante su estancia en ella, los
franciscanos debieron aceptar el gobierno impuesto desde la Nueva España;
siendo Gaspar de Portolá el primer gobernador político
y militar. Además, al llegar se encontraron con la noticia de
que los bienes temporales de las misiones, entre ellos tierras, ganado,
talleres, etc. serían manejados por los soldados y no por ellos. En 1768 la península
se dividió en dos departamentos, quedando la división
entre las misiones de San Luis Gonzaga y San Javier. El departamento
sur quedaba al mando de un comisario establecido en el real de Santa
Ana y Loreto seguía como capital de las Californias.
La primera y única
misión franciscana establecida en la Antigua o Baja California
fue la de San Fernando Velicatá en mayo de 1769, en el sitio
identificado por el jesuita Linck como Güiricatá, al noroeste
de la misión de Santa María Cabujacaamang, convirtiéndose
en una estación de viaje para la Alta California hacia donde
ya había partido el padre Serra, y donde comenzaron por establecer
la misión de San Diego como la primera de una serie de misiones
cercanas a la costa Californiana. La gran cantidad
de cambios acaecidos en la península, las disposiciones irrealizables
de Gálvez, la creciente animadversión entre gobernadores
y misioneros, el abandono de algunas de las misiones, la disminución
de la población indígena debida a la peste en el sur y
al sarampión en el norte, así como el problema logístico
que representaba para los franciscanos la administración de las
misiones de la Antigua California y a la vez fincar las de la Alta California,
llevarían poco a poco a una decadencia del sistema misional en
la península. El franciscano Palou, a cargo de las misiones de
la Antigua California, terminó proponiendo la renuncia a esas
misiones, al no existir esperanza de su recuperación. Ésto
llevaría a un concordato con la Orden de Predicadores para sustituir
a los franciscanos en la península. El 30 de abril
de 1772 los dominicos aceptaron hacerse cargo de las misiones de la
Antigua California que se encontraran al sur de la misión de
San Diego. El 14 de octubre de 1772 llegaron los primeros dominicos
a la Antigua California, y en mayo de 1773, el franciscano Palou hizo
"voluntaria y gustosísima dejación" de las misiones
de la península. Después de una inspección de todas
las misiones, Mora, presidente de los dominicos, inició una expedición
hacia el norte, en lo que sería conocido como la región
de La Frontera, saliendo de la misión de San Fernando. El 24
de julio de 1774, se fundó la primera misión dominica,
la del Rosario Viñadacó. En cierta forma las misiones
dominicas estarían en apoyo de las franciscanas de la Alta California,
suministrando paso seguro y bienes necesarios para las fundaciones.
Las cuatro primeras misiones dominicas estuvieron situadas a lo largo
de la costa Pacífico en terrazas marinas con buena disponibilidad
de agua, controlando grandes valles. La segunda fundación se
llevó a cabo el 30 de agosto de 1775. En 1776 se cambió
la capital a Monterrey, en la Nueva o Alta California, quedando Loreto
en segundo plano, como el resto de la península. El 27 de agosto
de 1780 se fundó la misión-comandancia de San Vicente
Ferrer, siguiendo la ruta costera, la cual se tomó como base
para las exploraciones realizadas durante las dos últimas décadas
del siglo XVIII y las primeras del XIX. En marzo de 1787,
Sales fundó la cuarta misión dominica, San Miguel Arcángel,
en un paraje seleccionado por el gobernador Pedro Fages, conocido como
El Encino. Al poco tiempo tuvieron que cambiar la misión a un
lugar más a propósito para la agricultura. En 1791, el
padre Juan Crisóstomo Gómez y José Loriente fundaron
la misión de Santo Tomás de Aquino, reduciendo la distancia
existente entre la de San Vicente y la de San Miguel, pero en 1794 se
trasladó a un sitio mas adecuado. En 1794 se fundó
la misión de San Pedro Mártir de Verona en el sitio de
Casilepe, fuera de la línea costera. El frío y las hostilidades
de los independientes kiliwas provocaron en este caso el cambio de sitio.
La misión de Santa Catarina Virgen y Mártir fue fundada
en noviembre de 1797, su ubicación fue seleccionada tras una
serie de cuidadosas exploraciones encabezadas por el teniente Arrillaga,
quien buscaba descubrir una posible ruta terrestre a las misiones de
Sonora. A la vuelta del
siglo, específicamente en 1804, se separaron los mandos políticos
de la Alta y la Baja California, tomando como línea divisoria
la de Arroyo del Rosario que separaba las misiones dominicas de las
franciscanas. El capitán Felipe Goicoechea quedó como
gobernador de la Antigua California. Durante esta época, los
bastimentos venidos de la Nueva España llegaban con bastante
irregularidad, desarrollándose un contrabando con barcos ingleses,
rusos y estadounidenses, que cambiaban provisiones por sal, cueros,
carne, pieles de nutria, algunas frutas y vino; sobre todo en la Bahía
de San Quintín. Hacia 1810, Fray Tomás Ahumada fundó El Descanso, ligeramente al norte de San Miguel, la cual se alternaría como sede con dicha misión; durante esa década e inicios de la siguiente, varias misiones fueron dejadas como visitas o cerradas definitivamente.
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En
1758, el padre Retz, a instancia de los nativos, llegó a un sitio
conocido como Adac, cercano a Bahía de los Angeles en el cual
había agua suficiente para regar. Un par de años después,
construyó los edificios básicos y sembró maíz
en el terreno de lo que sería la misión de San Francisco
de Borja. 
El
14 de octubre de 1766 se inauguró dicha misión, disponiendo
como de costumbre un pedazo de tierra para sembrar trigo, pero con la
mala experiencia de que el agua disponible tenía una importante
cantidad de sulfato ferroso que secaba los sembradíos y que no
permitía que los animales hallaran hierbas para pastar. Esta
problemática llevó al cambio de la misión a un
paraje conocido como Cabuja Caamang en mayo de 1767, por haber en él
un manantial permanente de agua potable, aunque el territorio fuera
un tanto salitroso. A ésta, la última misión jesuítica,
se le dio el nombre de Santa María.
Como
parte de las medidas de Carlos III y sus ministros para reconstruir
el poder de la monarquía mediante una reorganización radical
del gobierno y la economía colonial, se envió a José
de Gálvez como Visitador General a la Nueva España, quien
ayudó a poner en práctica el decreto de expulsión
de los jesuitas, suprimiendo los motines y levantamientos que se habían
dado en algunas ciudades novohispanas y dando instrucciones que buscaban
obtener un mayor rendimiento de las posesiones españolas en ultramar.
Como parte de sus actividades, llegó a las costas bajacalifornianas
a mediados de 1768, iniciando un recorrido por el sur de la península,
levantando informes y elaborando instrucciones, subrayando el papel
transitorio del régimen misional y promoviendo la colonización
civil mediante proyectos económicos. Entre las disposiciones
del visitador Gálvez, hubo varias concernientes al reasentamiento
de los indígenas, ante la escasa población reducida en
algunas misiones.