Origen

El origen de la fauna de Baja California está estrechamente relacionado con los cambios climáticos ocurridos en el período terciario, particularmente durante las glaciaciones, que provocaron modificaciones en la distribución de la flora, y por ello en la distribución de la fauna. El desarrollo y establecimiento de los diferentes tipos de vegetación en el Estado, provocó la emigración e inmigración de especies animales, estableciendo una diversidad de corredores migratorios, dando como resultado una variedad de especies afines con los elementos componentes de otras regiones aledañas a la península.

Distritos faunísticos

La península de Baja California se divide en cinco distritos faunísticos de los cuales uno se localiza en Baja California Sur, y los cuatro restantes se distribuyen en nuestro Estado:

Distrito de San Pedro Mártir. Es un estrecho cinturón que comprende las sierras de Juárez y San Pedro Mártir, a más de 1,200 msnm, en el lado occidental, y de 1,400 a 1,500 msnm en la vertiente oriental. Limita al Norte con Estados Unidos de América y llega a la altura de El Rosario. Algunas especies características de este distrito son:

Crotalus enyo (víbora de cascabel) y Crotalus viridus (víbora de cascabel), Ovis canadiensis cremnobates (borrego cimarrón), Odocoileus hemionus (venado cola blanca), Buteo jamaicensis (águila ratonera o halcón cola roja), Felix concolor (puma) y Urocyon cinereoargenteus (zorra gris).

Distrito San Dieguense. Ocupa la parte Noroeste de Baja California, y representa una extensión del Sur de California. Va desde el nivel del mar hasta los 1,200 msnm colindando con la Sierra de Juárez y hasta los 1,400 msnm con la Sierra de San Pedro Mártir, para continuar al Sur hasta el arroyo El Rosario. Algunas especies de este distrito son:

Phrinosoma corohatum (camaleón), Pituophis melanoleucus, Anas crecca (cerceta ala verde), Anas acuta (pato golondrina), Anas americana (porrón cabeza roja), Anas lypeata (pato cucharón), Anas cyanoptera (cerceta café), Anas discers (cerceta azul), Anas platynhynchos (pato de collar), Anas strepera (pato pinto), Lophortix californica (codorniz de California), Zenaida asiática (paloma alas blancas), Zenaida macroura (huilota), Canis latrans (coyote), Dipodomys gravipes y Dopodomys merreani (rata canguro).

Distrito del Desierto del Colorado. Cubre la parte Noreste de Baja California, entre el nivel del mar y una altitud de 1,400 msnm, en la frontera con la Sierra de Juárez, y 1,700 msnm -o más- en la porción Este de la Sierra San Pedro Mártir. Su extremo Sur es la Bahía de Los Angeles, desde Matomí y Punta San Fermín hacia el Sur y se extiende como una angosta franja, hacia el Este de la cadena montañosa, paralela a la costa. Hacia el Oeste, al Sur de San Pedro Mártir, limita con el Distrito San Dieguense. Su parte Norte ocupa la Planicie del Delta y las llanuras de inundación del Río Colorado, aunque esto se interrumpe por algunos relieves montañosos, como las sierras Cucapah, Las Pintas, San Felipe y Santa Clara. Especies de este distrito son:

Callipepla gambelli (codorniz Gambel), Ovis canadensis (borrego cimarrón), Myotis californicus stephens, Pizonix vivesi, Antrozous pallidus pallidus (murciélagos), Sylvilagus audubonii arizonae (conejo), Lepus californicus deserticola (liebre), Ammospermophilus leucururs leucurus, Spermophilus tereticaudus tereticaudus (ardillas), Pherognatus baileyi hueyi y Perognathus arenatus paralios (ratones), Canis latrans mearnsi, Canis latrans clepticus (coyotes), Macrotis vulpes arsipus, Urocyon cinereoargenteus scottii (zorros), Proscyon lotor pallidus (mapache), Felis concolor browni (puma).

Distrito del Desierto de Vizcaíno. Ocupa la parte Sur del Estado; limita al Norte con el Distrito San Dieguense y el Distrito del Desierto del Colorado. Por el Pacífico se extiende hacia el Sur en forma de cuña, terminando en Punta Santo Domingo, en Baja California Sur, a los 26º 20 de latitud Norte. En su extensión se incluyen las mesetas graníticas características de la zona, además de la planicie volcánica del área de Calmallí. Este distrito se distingue por el extraordinario desarrollo de la vegetación desértica, algunas especies de este distrito son: Lynx rufus baileyi (gato montés), Antilocapra americana peninsularis, Ovis canadensis weemsi (borrego)

Endemismos

La fauna endémica de Baja California se da a nivel de subespecies, más que a otros niveles, como los casos de la trucha arcoiris, las subespecies de mamíferos menores y aves en el Distrito de San Pedro Mártir. La trucha arcoiris, tiene su hábitat en arroyos de la pendiente occidental de la sierra, desde los 500 a los 2,000 msnm, se considera como una subespecie endémica del complejo arcoiris y referida como Oncorhynchus mykiss nelsoni. Alrededor de 150 subespecies o razas geográficas de mamíferos terrestres están confinadas solo en Baja California. Las investigaciones sobre endemismos, incluyen un listado de 28 especies endémicas para la entidad, de las cuales 23 son roedores, y 17 poblaciones de estas especies se distribuyen solo en las islas del Golfo de California. d. Especies raras, amenazadas, en peligro de extinción, o sujetas a protección especial. Las especies y subespecies de la fauna silvestre terrestres y acuáticas consideradas en peligro de extinción (P), amenazadas (A), raras (R) y las sujetas a protección especial (Pr) y dentro de estas categorías las endémicas (*) a la República Mexicana y aguas de jurisdicción federal, se encuentran en listadas de acuerdo a su categoría dentro de la NOM-ECOL-059-1994 publicada en el Diario de la federación de fecha 16 de Mayo de 1994.